CNPM are următoarele organe de conducere, reprezentare, administrare şi control:
Adunarea generală este organul suprem de conducere, se convoacă ordinar, o dată la 4 ani, sau extraordinar, ori de câte ori este nevoie. Delegaţii aleşi sunt desemnaţi de fiecare membru al Confederaţiei, cu respectarea normelor de reprezentare stabilite de Consiliul de conducere.
Consiliul de conducere este organul de reprezentare generală şi de coordonare unitară a activităţii Confederaţiei, care se convoacă cel puţin 4 ori pe an. Fiecare membru CNPM deleagă în acest organ de conducere un membru şi un membru supleant. Membrul supleant se prezintă la şedinţe în absenţa membrului.
Comisia de cenzori verifică activitatea și gestiunea surselor financiare ale CNPM.
Biroul permanent este format din preşedinte, prim-vicepreşedinte şi vicepreşedinţii Confederaţiei şi se întruneşte o dată pe lună, la cererea preşedintelui.
Preşedintele şi vicepreşedinţii CNPM sunt aleşi de Adunarea generală.
Direcţia executivă este aparatul administrativ al CNPM şi asigură realizarea măsurilor de îndeplinire a hotărârilor consiliului de conducere.
Directorul executiv este desemnat de consiliul de conducere la propunerea Preşedintelui şi asigură conducerea direcţiei executive.